《北京生物医学工程》（双月刊）创刊于1981年，由北京生物医学工程学会；北京市心肺血管疾病研究所主办。

《北京生物医学工程》是综合性学术刊物，主要刊登人工器官、生物材料、生物力学、生物信息与控制、生物医学测量、医药工程、生物工程、中医工程、计算机在生物医学中的应用、医疗器械等方面的理论研究与最新科技成果。设有论著、综述、研究简讯、临床应用、交流与讨论、仪器维修、专家论坛和科学管理等栏目，适合中高级从事生物医学工程的科研人员、工程人员、临床医护人员的阅读。本刊是中国核心期刊数据库收录期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊（光盘版）、中国期刊网入编期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中文生物医学期刊文献数据库收录期刊、中国医学文摘数据库收录期刊。

《北京生物医学工程》被北大1992版核心期刊收录。